Nessa época já existiam muitas sociedades espíritas, porém, as únicas que mantinham a hegemonia de mando eram quatro: a "Acadêmica", a "Fraternidade", a "União Espírita do Brasil" e a "Federação Espírita Brasileira", entretanto, logo surgiram entre elas vivas discórdias.

Sob os auspícios de Bezerra de Menezes, e acatando prescrições das importantes "Instruções" recebidas do plano espiritual pelo médium Frederico Júnior, foi fundado o famoso "Centro Espírita", o que, entretanto, não impediu que Bezerra desse a sua colaboração a todas as outras instituições.

O entusiasmo dos espíritas logo se arrefeceu, e o velho seareiro se viu desamparado dos seus companheiros, chegando a ser o único freqüentador do Centro. A cisão era profunda entre os chamados "místicos" e "científicos", ou seja, espíritas que aceitavam o Espiritismo em seu aspecto religioso, e os que o aceitavam simplesmente pelo lado científico e filosófico.

Em 1893, a convulsão provocada no Brasil pela Revolta da Armada, ocasionou o fechamento de todas as sociedades espíritas ou não. No Natal do mesmo ano Bezerra encerrou a série de "Estudos Filosóficos" que vinha publicando no "O País".

Em 1894, o ambiente mostrou tendências para melhora e o nome de Bezerra de Menezes foi lembrado como o único capaz de unificar o movimento espírita.

O infatigável batalhador, com 63 anos de idade, assumiu a presidência da Federação Espírita Brasileira, cargo que ocupou até a sua desencarnação. Iniciava- se o ano de 1900, e Bezerra de Menezes foi acometido de violento ataque de congestão cerebral, que o prostrou no leito, de onde não mais se levantaria. Verdadeira romaria de visitantes acorria à sua casa.

Ora o rico, ora o pobre, ora o opulento, ora o que nada possuía. Ninguém desconhecia a luta tremenda em que se debatia a família do grande apóstolo do Espiritismo.

Todos conheciam suas dificuldades financeiras, mas ninguém teria a coragem de oferecer fosse o que fosse, de forma direta. Por isso, os visitantes depositavam suas espórtulas, delicadamente, debaixo do seu travesseiro.