Fénelon deixou por algum tempo as Novas católicas, a fim de tomar posse do novo cargo, mas logo retornou a Paris e reassumiu a direção da instituição, posto em que permaneceria por dez anos.

Escreveu nesse período, De L'éducation des filles, primeira obra significativa em sua carreira de escritor e educador. O livro, solicitado pela duquesa de Beauviller para orientá-la na educação de suas filhas, alcançou grande sucesso, tornando-se obra de referência para as famílias da época, bem como texto de consulta para os estudiosos da pedagogia.

Graças a sua simplicidade, doçura e caridade, Fénelon obteve considerável sucesso na tarefa, conseguindo converter rapidamente grande número de pessoas. Fénelon não se iludiu com suas numerosas conquistas, reconhecendo que nem todas eram sinceras. Uma avaliação realista, essa. Com os protestantes em minoria e postos fora da lei, o catolicismo tornara-se mais confortável ou, no mínimo, mais seguro. Mesmo assim, acrescenta, o resultado de sua missão foi considerado "muito satisfatório".

Não escapou, no entanto, de algumas críticas. É que as alas mais radicais da igreja atacaram seus métodos de conversão e o consideraram "demasiado condescendentes com os heréticos". Ele preferiu não se justificar.

Nesse ínterim, vagou-se o bispado de Poitiers. O nome de Fénelon foi indicado e o rei concordou, mas a nomeação não chegou a concretizar-se, segundo se diz, por causa das intrigas do nobre senhor de Harlay, arcebispo de Paris, que tinha lá suas divergências com Bossuet, e não via com bom olhos a amizade de Fénelon com o rival. Tudo no melhor estilo da pior política de bastidores.

Por essa mesma época, Fénelon sofreu outro revés. Alguém - seria ainda o senhor arcebispo de Paris ? - convenceu o rei a negar-lhe a nomeação como co-adjutor do arcebispo de La Rochelle, que o desejava como colaborador.

Pouco depois, em 1689, os bons ventos do sucesso voltaram a soprar a favor do jovem prelado. O duque de Beauvilliers, designado "governador" do jovem duque de Borgonha - neto do rei e herdeiro presuntivo da coroa - escolheu Fénelon para o honroso cargo de preceptor do príncipe.